Como más importante está la amenaza de la pérdida de hábitat de P. onca. Las tasas de deforestación elevadas en América Latina, y la fragmentación del hábitat y de las poblaciones de jaguar convierten a esta especie en vulnerable al hombre (Nowell y Jackson 1996).
Este felino habita los bosques primarios tropicales del Sur y Centro América, los mismos hábitats que científicos del clima han visto que se convertirán en sabana o desierto si se continúan cortando los bosques a este paso, y es que llegados a este punto el agua ya no podrá ser reemplazada.
Especialmente por causa de la construcción de la Transamazónica, una carretera que atraviesa gran parte de la selva de Brasil, grandes áreas del bosque tropical esta siendo destruidas por colonizadores. Estos colonizadores usan este terreno durante 2 o 3 años, como pasto para su ganado o, como campos casi estériles, hasta que la cosecha es tan pequeña que talan otras zonas. Pero ese bosque ha sido destruido de forma irremplazable y la fina capa de humus ha sido arrastrada por las lluvias. El primer paso par la creación de un desierto se ha realizado. El jaguar no será el único de sufrir sus consecuencias.
Además las personas compiten con los jaguares por sus presas, y a los jaguares se les dispara frecuentemente, a pesar de la legislación protectora (Nowell y Jackson 1996).
Al perder hábitat y presas, muchas veces se ven obligados a atacar al ganado, y esto causa que sean perseguidos por los ganaderos. En muchas zonas el ganado prácticamente se mueve por amplias zonas sin protección, y en sitios donde escasean las presas naturales han llegado a convertirse en una parte importante de la dieta del jaguar, principalmente en zonas de sabana inundadas estacionalmente.
La vulnerabilidad del jaguar a la persecución se demuestra por su desaparición a mediados del siglo XX de zonas deEstados Unidos y México donde ahora el único morador es el puma. Actualmente la caza comercial y la captura por sus pieles se ha reducido drásticamente desde los 70 gracias a las campañas en contra y a la normativa de CITES (Nowell y Jackson 1996).
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