En las noticas el desorden económico mundial también se manifestó en México con el fenómeno que los periodistas llamaron "atomía", que consistió en la rápida y desordenada elevación de los precios, la escasez de circulante y una fuerte tendencia al desempleo. Gracias a la inversión pública creció la producción petrolera, eléctrica y siderúrgica; se duplicó la red carretera y se construyeron nuevos aeropuertos. Para solucionar de algún modo la situación económica del país, creó la Comisión Nacional Tripartita, la cual estaba formada por empresarios, líderes sindicales y funcionarios públicos. De esta comisión nació INFONAVIT.
Fue miembro del Consejo ejecutivo de la UNESCO y embajador mexicano itinerante. Dio su apoyo a la causa de la República española en el exilio y a Fidel Castro en Cuba, con el que México mantuvo excelentes relaciones, y de Salvador Allende, en Chile. En 1976, año en que entregó su cargo a López Portillo, se produjo una nueva devaluación, que sería causa más tarde de la crisis nacional.
El fiscal especial para delitos del pasado presentó cargos de genocidio contra él por su responsabilidad, como ministro del Interior durante la Masacre de Tlatelolco el 2 de octubre 1968. Una orden de arresto contra Echeverría fue emitida por un tribunal mexicano el 30 de junio de 2006, pero fue declarado no culpable de los cargos el 8 de julio de 2006. Echeverría demandó al PRD por acusaciones falsas. El 29 de noviembre de 2006, fue acusado de las matanzas y se ordenó su arresto domiciliario por un juez mexicano. El 26 de marzo de 2009, un tribunal federal ordenó su libertad, así como exenciones de la acusación de genocidio por los sucesos de Tlatelolco.