Guillermo Hoyos nació en Medellín el 1 de septiembre de 1935. Sus padres fueron Antonio José Hoyos, oriundo de Marinilla, y Marta Vásquez, de Fredonia. Fue el último hijo de una familia de seis hombres y una mujer. Como muchos biógrafos lo señalan, Guillermo nació en un ambiente familiar católico y conservador, del que se fue distanciando en su trayectoria vital.
Una vez desembarcó de Europa, comenzó a tener diferencias con sus colegas filósofos jesuitas, pues ya Guillermo insistía en hacer una filosofía comprometida con la realidad del país. Por eso prefería hablar de teoría crítica.
Al lado de sus iniciales denuncias contra la positivización de las ciencias sociales en el continente y su llamado a la necesidad de pensar críticamente la realidad latinoamericana, se hace partícipe de las luchas populares por una vida digna como camino a la emancipación. Poco tiempo después interrumpe los lazos laborales con Cinep.
Para ese momento era otro el espacio que lo atraía para adelantar su actividad como intelectual comprometido: la Universidad Nacional en Bogotá. Desde febrero de 1975, se había vinculado como profesor al principal centro docente del país, siendo Rector Luis Carlos Pérez y director de Departamento de Filosofía Ramón Pérez Mantilla.
No pocos biógrafos han llamado la atención con respecto a que un jesuita se haya enrolado en una universidad pública de reconocido carácter laico, con un rector “marxista” y un director de Departamento “libre-pensador”.
Allí fue un gran divulgador, junto con Rubén Jaramillo, de la Teoría Crítica en la vertiente de la Escuela de Fráncfort, enfocándose especialmente en el Jürgen Habermas de Conocimiento e Interés.
En 1981 —como lo destacó el profesor Médofilo Medina— contribuye a crear el Comité Amplio de Profesores de la Universidad Nacional. Hoyos es elegido como representante de los profesores al Consejo Superior de la Universidad Nacional, saliendo elegido para el periodo 1982-1984.
En 1984 Betancur le propone integrar la Comisión de Verificación de los Acuerdos de Paz con las Farc, junto con otras 49 personalidades de diversas corrientes políticas. Como parte de esa comisión, fue testigo de la creación del partido que supuestamente iba a permitir la incorporación política de las Farc: la Unión Patriótica.
Entre 1985 y 1987, Guillermo aprovecha su sabático para irse a Wuppertal (Alemania). Allí profundiza en el trabajo de Habermas sobre la Teoría de la acción comunicativa, y se adentra en la obra de John Rawls, en un encuentro tardío pero fructífero, con la tradición filosófica anglosajona.
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