Sus padres fueron Margarita Magón y Teodoro Flores. Fue el menor de los tres hermanos Flores Magon,, vivió los primeros años de su infancia en Oaxaca y su familia migró a la Cuidad de México,. Estudiaba en la capital del país; en 1892 cuando comenzó a participar en las manifestaciones contra la tercera reelección del presidente Porfirio Diaz muy joven se había iniciado en el periodismo junto con sus hermanos Jesus y Ricardo en 1902, cuando colaboraba en el hijo del ahuizote fue apresado con Ricardo en la prisión militar de Santiago Tlatelolco. .
Al salir de prisión en enero de 1903 vuelven a publicar El hijo de El Ahuizote, el 5 de febrero en el balcón de las oficinas del periódico colocan un gran crespón negro y una pancarta con la leyenda "La Constitución ha muerto..." misma que Enrique Flores Magón dibujara. El 2 de abril, participó en la irrupción de liberales en una manifestación a favor de Porfirio Díaz y se tornó en una manifestación de protesta que lanzaba "mueras" al dictador.
El 11 de abrill de 1903 fue hecho prisionero y recluido en la cárcel de Belén de la Ciudad de México. Al ser liberados un decreto de Porfirio Díaz prohibía cualquier publicación o escrito de los Flores Magón, sin pena de severos castigos para el impresor. La represion politica del gobierno mexicano obligó a Enrique y Ricardo Flores Magón a salir del país. Los últimos días de 1903 arribaron a Texas
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