Juan José Flores nació el 19 de julio de 1800 en Puerto Cabello (Venezuela).
Hijo de Juan José Aramburu, comerciante español y Rita Flores, oriunda de Puerto Cabello.
Entró en el Ejército español muy joven pero pronto se integró en las fuerzas independentistas de Simón Bolívar tras ser capturado por sus tropas.
Con 23 años de edad, ya ejercía como coronel y gobernador de la provincia de Pasto, situada al sur de la actual Colombia.
Primer Presidente de la República del Ecuador. Mantuvo la presidencia de 1830 a 1834; de 1839 a 1843 y de 1843 a 1845.
En 1828 fue ascendido a general en jefe del Ejército de Bolívar. Cuando se disolvió la República de la Gran Colombia (Estado creado por Bolívar que federaba a Nueva Granada -Colombia y la audiencia de Quito- y Venezuela) en 1830, convocó una asamblea proclamando la independencia de la República de Ecuador, Estado configurado por los antiguos territorios de la audiencia de Quito, con él como presidente. Sin embargo, para satisfacer las exigencias de los liberales de Guayaquil, accedió a alternar la presidencia con su principal representante, Vicente Rocafuerte; durante el mandato de este último (1835-1839), Flores estuvo al frente del Ejército.
En el año 1839 se hizo de nuevo con la presidencia y a pesar del acuerdo, logró ser reelegido en 1843.
Dos años después estalló una rebelión promovida por la burguesía mercantil y le obligó a exiliarse, pero en 1860, cuando el enfrentamiento civil estaba devastando el país, fue llamado por los conservadores para intentar poner fin al conflicto.
Cuando la guerra finalizó, presidió la Asamblea que designó a Gabriel García Moreno como presidente en 1861.
Casado con Mercedes Jijón en 1824, fue padre de once hijos.
Juan José Flores falleció en Isla Puná, Ecuador, el 1 de octubre de1864 cuando regresaba a su país, después de combatir contra insurgentes en Perú.
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