La región paso desapercibida para los conquistadores Españoles, quienes pronto descubrirían las riquezas minerales de aquellas densas tropicales húmedas. La orfebrería indígena encontrada por los arqueólogos muestra que el mineral siempre fue abundante y utilizada por los pueblos indoamericano del territorio.  

De esta manera la región llego hacer unas de las principales productoras de oro durante la colonia española y en tal dicen los investigadores que durante el virreinato más de la mitad del oro que salió de estas colonias hacia la metrópoli, era de esta región. Ellos explican también la razón por la cual en la actualidad los colombianos que la habitan pertenecen preferiblemente a la raza negra y paradójicamente es una de las regiones menos desarrollada del país. 

Fue fundada por JUAN LADRILLEROS, siguiendo la orden de PASCUAL DE ANDAGOYA, El 14 de julio de 1540 sobre la isla CASCAJAL, aproximadamente a 16 km de su actual ubicación. La ciudad recibió su nombre por haberse fundado el día de la fiesta de San BUENAVENTURA, y por la tranquilidad de su bahía. 
 

En el segundo viaje de PASCUAL DE ANDAGOYA lo hizo por la costa occidental de Colombia, racalo en una de las islas de la bahía de Málaga. En ella murió Luis de Andagoya su hermano, que desde entonces recibió el nombre de "ISLA DE LA MUERTE". Andagoya abandono esa isla para buscar otra isla cercana de mayor tamaño, habitada por una tribu de INDIOS llamados "Buscajaes", llegando el 14 de julio de 1540 a la bahía de la isla Cascajal que llamo BUENAVENTURA, por lo tranquilo de las aguas y lo abrigado del recodo. La isla de Cascajal, de 3 km de longitud muestra una superficie irregular con depresiones en las dos extremidades de la coronada por un altozano en el centro que hoy se denomina "La Loma" 

Buenaventura fue inicialmente establecida como puerto FLUVIAL y no MARITIMO, ya que en un principio existió a orillas del rio ANCHICAYA once lenguas dentro del delta del rio DAGUA. Originalmente se llamó "Pueblo de la Cruz", y solo con el tiempo se le cambio el nombre por el poblado de la Buenaventura. 

Buenaventura vino hacer puertos marítimos unos trecientos años después de su primer asentamiento fluvial. Este puerto marítimo ahora si fue en la isla del Cascajal, alrededor de los años 1826 en adelante