Los temas recurrentes de su obra fueron Dios, la mujer, la muerte y la naturaleza, a los cuales supo arrancar nuevas sonoridades y combinaciones con temas afines, hasta erigirlos en símbolos. Pero José Eusebio Caro no sólo fue poeta y filósofo, sino también hombre de ciencia.
 

Las poesías en Caro fueron recopiladas y publicadas en irlanda, en 1857. En 1885, fueron reeditadas en Madrid, con lo cual comenzó a tener el alcance universal que merecía. Pero quizás el mayor tributo que se le ha ofrecido a este poeta, para la interpretación de su obra, fue el estudio "La poesías de José Eusebio Caro", que el Instituto Caro y Cuervo publicó en 1966.

MI AMOR

Cual de noche lejano

Del canto marinero

Suena el eco postrero

Entre el vasto oceano;

O  cual en templo umbroso

Del fondo de la tierra

Sale el grito medroso

Del vivo que ella encierra,

O  en ocaso estampadas

Deja el sol sus pisadas,

Tal vive en mi dolor

Mi ya pasado amor.

Como, tras las montañas

Hundiéndose, la luna

Se pinta en la laguna

Que cercan tristes cañas;

Como el dormido infante

En rápido embeleso

Aún de la madre amante

Recuerda el primer beso;

Como la voz del mundo

Que entorna al moribundo;

Tal con vivo fulgor

Brilló fugaz mi amor.

¡Ah! cual muerta la vieja

Aguila, de su vuelo

Las plumas con que el cielo

Cruzó tan sólo deja;

Como en edad ya tarda

América, en su olvido,

Grandes vestigios guarda

De un pueblo no sabido:

Tal las gentes remotas

Verán las cuerdas rotas

Del arpa en que cantor

Lloré mi ingrato amor.