Nació en la hacienda El Tintal, en el entonces municipio de Fontibón en cercanías a la ciudad capital Bogotá, el 25 de diciembre de 1812, hijo de José Francisco Ancízar y Zabaleta y Juana Bernarda Basterra y Abaurrea.
En 1819 él y su familia tienen que huir a Cuba a causa de la guerra de independencia. En 1831 obtuvo el título de bachiller en derecho civil de la Real y Pontificia Universidad de San Jerónimo regentada por los religiosos dominicos en La Habana. Por esta época publicó en el Diario de la Habana su Estudio de Filosofía. En 1834 presentó la tesis de grado ante la Academia de Jurisprudencia de San Fernando y obtuvo el grado en Derecho Canónigo. Es nombrado profesor sustituto de cátedra de derecho romano-hispánico. En 1837 participó en las primeras conspiraciones para tratar de obtener la independencia de este país y es acusado por conspirar contra el gobierno español. En 1838 ingresó a la logia masónica.
En 1839 viajó a Estados Unidos a causa de los desacuerdos con la autoridad española en la isla. Durante un año recorrió el país. En 1839 se radicó en Caracas donde hizo parte del colegio de abogados. Participó en septiembre de 1840 en la creación de la sociedad literaria Liceo Venezolano. En el Colegio de la Independencia tuvo a su cargo la cátedra de filosofía y reemplazó a Fermín Toro. En 1841 es nombrado rector del Colegio Nacional de Carabobo en Valencia. Ese mismo año fundó el periódico El Siglo. También allí fomentó la creación de la Biblioteca Nacional de Venezuela. Se propuso hacer realidad el decreto 1833 que trataba la creación de una biblioteca nacional.
En 1850 se une a la Comisión Corográfica encargándose de las descripciones y estadísticas. El objetivo de esta comisión era realizar un profundo estudio de la geografía, cartografía, recursos naturales, historia natural, cultura y economía del país. Durante su participación sus temas de interés fueron diversos: vestido, costumbres, música, culturas típicas regionales, recursos naturales, cultivos, paisajes instrucción política y relación de las personas con la iglesia. A raíz de su participación en dicha empresa científica escribió uno de los libros más importantes de Colombia en el siglo XIX, La peregrinación del Alpha por las provincias del norte de la Nueva Granada en 1850-1851 (Alpha era el seudónimo de Ancízar), con el que propone crear una nueva cultura colombiana basada en las raíces indias y españolas. En el libro plantea un análisis holístico de toda la sociedad colombiana de la época. En 1851 abandonó la Comisión al ser nombrado encargado de negocios ante Ecuador y hacerse cargo de conflictos fronterizos con Brasil, Ecuador y Perú Emprendió el viaje de Bogotá hacia Guayaquil el 15 de enero de 1852.
En 1855 regresó a la Nueva Granada. Es vinculado a la Universidad del Rosario como profesor de economía así como a la Sociedad Geográfica de París.
El 4 de julio de 1857 contrajo matrimonio con Agripina Samper Agudelo, hermana de José María Samper. De dicha unión nacieron Roberto (1858), Pablo (1859), Inés (1860), Jorge (1862) y Manuel (1865). En 1859 participó públicamente contra el gobierno de Mariano Ospina Rodríguez defendiendo las ideas radicales. En 1861 fue nombrado Director de Crédito Nacional, subsecretario de Hacienda y secretario de Relaciones Exteriores. Fue el primer rector de la Universidad Nacional de Colombia en el año de 1867. Bajo su administración son publicados los Anales de la Universidad Nacional.
Fue miembro fundador de la Sociedad Colombiana de Ingenieros y de la Academia Vásquez en el año de 1873. Muere en Bogotá el 22 de mayo de 1882 tiempo después de ser nombrado rector de la Universidad del Rosario cargo que no puede asumir por cuestiones de enfermedad.
Parte de su biblioteca fue donada a la Biblioteca Nacional de Colombia. El fondo Manuel Ancízar consta de 107 volúmenes escritos en español, inglés y francés. Es rico en obras sobre derecho internacional, marítimo y mercantil, y cuenta con títulos sobre historia, geografía y economía colombianas. También se encuentran códigos, ordenanzas, decretos, leyes, reglamentos, informes, entre otros documentos legales.
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